本实用新型公开了一种治理海洋赤潮生物排泄物的清理装置，其结构包括控制台、控制器、生物排泄物收集室、连接套、连接斗、排水装置、防护门、清理机体、门把手，所述控制台底部与清理机体右半端顶部垂直连接，所述控制台顶部与控制器底部焊接，所述生物排泄物收集室底部与清理机体顶部垂直连接，所述生物排泄物收集室顶部与连接套底部导通连接，所述连接套顶部与连接斗底部固定连接，所述防护门侧面与生物排泄物收集室前侧固定连接，所述防护门右端前侧与门把手背部焊接，所述排水装置安装在生物排泄物收集室内部，增加了排水装置，该装置能够将收集生物排泄物同时收集回来的水排出，提高设备的实用价值。