本实用新型涉及一种便携式微型荧光显微镜，其包括第一光学路径和第二光学路径，第一光学路径一端为激励源，另一端为物镜，激励源和物镜之间设置有被配置和布置为将激发光引导至物镜的激发元件；第二光学路径一端为物镜，另一端为图像采集装置，物镜和图像采集装置之间设置有被配置和布置为由将由物镜接收到的荧光投射到图像采集装置的发射元件；其中，物镜为非球面透镜；发射元件包括反射器，该反射器设置在图像采集装置前，用于改变图像采集装置的光接收位置。本实用新型在保证高质量的成像效果的同时，维持微小体积，简化组装并降低成本，合理的结构设计保证了使用的稳定性，更方便于架设在实验动物身体上。