本实用新型涉及生物医疗技术领域，尤其涉及一种高通量基因芯片处理装置，包括框架、样品处理单元、机械传动单元、第一阀组、注射器、第二阀组和舱门组件，所述框架的内部中空，所述样品处理单元包括内筒、外筒和转轴，所述机械传动单元包括分别安装在框架内的电机、第一带轮、同步带和第二带轮，所述第一阀组上设有六个及以上的试剂接口，所述舱门组件包括可转动的安装在框架的侧壁上对应所述开口位置的密封端盖。本实用新型仅通过一个维度的运动，实现大通量基因芯片的偶联和显色的自动化作用，节省了成本、提高了效率，利于推广。