本实用新型公开了一种具有微针肋‑纳米线结构的微通道换热器及其制造方法，该微通道换热器包括上下贴合在一起的上盖板、金属微通道基板，所述金属微通道基板中间设有若干等间距排列的平行阵列微通道，微通道壁面具有大量微针肋凸起，微针肋凸起上生长有大量纳米线结构，起到良好的扰流作用，并显著增大换热面积、强化传热。制备方法包括：先微铣削加工出微通道，再通过激光加工在微通道壁面制备出大量微针肋凸起，然后用稀盐酸表面清洗，再在马弗炉中进行热氧化反应生成微针肋上生长有大量纳米线的微通道，最后将微通道换热器密封封装。本实用新型操作简单方便、成本低廉，可实现微尺度通道内强化传热结构的高效、低成本、牢固制备成形。