本发明提供一种多通道柔性微针电极及制备方法，该多通道柔性微针电极包括：柔性衬底，柔性衬底设有多个通孔，多个通孔均从柔性衬底的第一侧面贯穿至柔性衬底的第二侧面；多个微针，多个微针均设于第一侧面，每一个微针与一个通孔的表面电连接，通孔的表面和微针的表面为导电材料制成；布线层，布线层设于第二侧面，布线层具有多个第一接头和多个第二接头，第一接头设于通孔，并与通孔的表面电连接，第二接头用于导入或者导出电信号。本发明提供的多通道柔性微针电极及制备方法，能够采集到多通道的生物电信号，或者能够给生物体施加多通道的生物电信号刺激，提高生物电信号采集或电刺激的精度。