本实用新型涉及发酵设备技术领域，具体为一种腐乳菌种发酵装置，包括发酵箱，发酵箱的顶部外壁上安装有储液箱，储液箱的顶部外壁上开设有进液口，且进液口上插接有密封塞，储液箱的一侧设有两个出液机构，出液机构包括水泵，水泵的进水端连接有抽液管，抽液管远离水泵的一端与储液箱相连接，水泵的出水端连接有出液管，出液管的圆周外壁一侧处设有多个喷液管，喷液管延伸至发酵箱的内部，喷液管的圆周外壁位于底部处设有多个喷头；发酵箱的内部位于喷头的下方处设有发酵筛，该腐乳菌种发酵装置，可除去发酵时产生的异味，发酵速度快，提高了工作效率。