本实用新型适用于无人船艇控制装置及船体配件技术领域，提供了一种航行控制器及无人船艇，航行控制器包括母板和多个子板，多个子板分别与母板电性连接；多个子板包括预设数量的加固计算机板、预设数量的加固存储板、预设数量的加固基本控制板、加固交换机板、加固电源板、航插转接板以及调试接口板。由此通过将航行控制器设计为母板和多个子板的形式，各个子板与母板进行信号互通，极大地降低了原有多个分立控制器模块之间信号互联的安装空间；并且子板可根据用户的需求进行组合配置，有利于现场拆装及二次维护，满足可扩展性和航行控制器的分布式处理的需求；同时，可针对性地对某个板或者某些板进行维护升级，而无需对整个航行控制器进行更换。