本实用新型公开了一种定时的肠道菌落取样装置，包括壳体，所述壳体内腔的右端固定连接有第二隔板，所述第二隔板右侧的上端固定安装有PLC控制器，所述第二隔板右侧的下端固定安装有电子计时器，所述第二隔板右侧的中端固定安装有电机，所述电机的输出端固定连接有转轴，所述转轴的外表面固定连接有支撑杆，所述支撑杆远离转轴的一端固定连接有收集槽，所述收集槽上端的内表面活动连接有电磁阀。本实用新型通过PLC控制器、电子计时器、电机、转轴、支撑杆、收集槽和电磁阀的作用，解决了现有的取样装置存在操作麻烦，无法定时分段取样，取样效果差，而且取样时对身体存在一定的伤害，无法满足人们对取样装置使用需求的问题。