本实用新型公开了一种利用微生物发酵的咖啡发酵装置，包括发酵罐，发酵罐内设有过滤板，发酵罐内位于过滤板的上方设有搅拌组件，搅拌组件包括有旋转轴，旋转轴上设有搅拌叶片，过滤板的下端面设有供气管，供气管上开有若干出气孔，供气管通过连接管连接外部气源，连接管上设有第一阀门，发酵罐的上端设有进料口，发酵罐的侧壁位于过滤板的上方设有出料口，出料口上设有第二阀门，发酵罐的下端设有排渣口，排渣口上设有第三阀门，排渣口的侧壁位于第三阀门的上方设有排液管，排液管上设有第四阀门，开启第一阀门对发酵罐内供气，供气管设置于过滤板下方，气体进入后通过滤孔向上运动，穿过在过滤板上的咖啡豆，提高咖啡豆与氧气的接触面，提高发酵效率。