本实用新型提供一种模块化组装的纳米孔装置，包括壳体、流体腔密封层、柔性基底纳米孔结构、流体腔基座，柔性基底纳米孔结构包括第一流道对准标记和第一模块对准标记；流体腔基座包括第二流道对准标记和第二模块对准标记；流体腔密封层包括第三模块对准标记；第一流道对准标记和第二流道对准标记用于所述液体流道和所述流道开口密封件的对准装配，以使液体流道和流道开口密封件实现快速对准和密封；各模块对准标记上下对准以实现各模块上下对准装配。本装置灵活组装，简化维修和部件更替手续，实现用户自助维修和部件更换，节约时间成本，可实现多场景的测序和检测应用，每个模块可分别储存备用，需要时可以快速组装和测量，大大提高灵活性与便携性。