本实用新型公开了一种新型乳酸菌发酵系统，包括底座、灭菌罐、发酵罐、自吸泵和液体无菌过滤器，所述灭菌罐和发酵罐均固定安装于底座的顶部，所述灭菌罐的顶部通过安装架固定连接有第一驱动电机，所述第一驱动电机的输出轴通过联轴器固定连接有第一转动杆，本实用新型涉及乳酸菌发酵技术领域。该新型乳酸菌发酵系统，在乳酸菌发酵时，对其进行了很好的灭菌，提高了生产质量，在灭菌时通过消声装置可以防止产生振动及啸叫，降低音噪，灭菌罐和发酵罐外均带有保温层，可以减少热量损失，防止烫伤，内盘管可通热水或冷水，对发酵罐内发酵液进行恒温控制，同时避免了采用夹套结构造成壁厚增加，减少了投资成本。