一种基于模式增长算法的基因变异检测方法，在预处理后的测序比对数据中提取有变异特征信号的数据并进行聚类，将聚类后的每一类数据中所有的短读段序列依据比对状态拆分成状态分别为S和M的两段，将所有的S段的序列压缩建立一致性序列，将所有的M段的序列压缩建立一致性序列；并对同一类中的数据信息进行计算，则形成超项目，根据每个超项目在基因组上的位置将每个超项目按顺序存入变异信号数据库中；使用模式增长算法，建立断点间的比对关系；建立变异模型，确定变异的类型。本发明直接将过滤后数据库中的所有断点为对象进行比对来获取相互比对关系，从而得到全局比对信息，实现更精准的变异检测效果，对较小或较大变异均有很好的检测效果。