本发明公开了一种基因变异的自动分类方法、装置和电子设备。该方法包括：获取基因变异的信息；建立基因变异的证据评判规则；构建基因变异的证据文献数据库；根据基因变异的信息，基于基因变异的证据评判规则，利用公共数据库和文献数据库匹配得到基因变异的证据；根据匹配得到的证据或证据的组合对基因变异进行分类。采用本发明提供的方法，可以实现变异的自动化判读分类和批量处理，节省了操作时间；同时降低了临床意义未明的比例，提高了准确度。因此，本发明的方法可以广泛应用于患者精准诊疗过程中。