本发明涉及一种基于移动设备摄像头的心率变异性测量方法，包括：对移动设备摄像头获取的视频图像信息进行预处理；正则化提取出来的叠加图像，并创建多通道图像。本发明的有益效果是：将面部划分为5个区域，利用面部非接触式移动设备提取视频帧信息，并进一步得到其中光谱信息的绿色通道信息；利用滑动窗口机制进行绿色通道信息图像的叠加并计算出事实脉冲数据作为标签数据；引入双阶段的深度卷积神经网络对训练数据信息进行学习，建立基于面部图像的心率变异性识别模型，并应用于不同的手机安卓系统；所提出发明技术通过移动设备提取面部信息，并应用模型自动计算心率变异性，操作简便，实现了自动化分析计算，且精确率高。