本发明提供一种船舶全回转主推控制方法及系统，该方法包括：获取主推启动指令，根据预设转速与转速限定范围的第一判断结果启动变频器和主推电机；判断当前主推转速是否达到预设转速，如当前主推转速未达到预设转速，则产生控制变频器频率的第一控制指令；判断是否有新的转速指令，如有新的转速指令则根据新的转速指令与转速限定范围的第二判断结果产生对变频器的频率进行调整的第二控制指令；获取主推方向指令，根据当前主推方向角度与给定角度的第三判断结果产生对主推转向电机的第三控制指令。本发明避免全回转主推在过高转速、过低转速的情况下运行对船舶安全性造成的威胁，实现对智能船舶全回转主推转速、方向的自动控制。