本发明公开了一种船舶主机遥控系统的控制方法，采用闭环控制即PID控制、开环控制和机动航行三种控制方法，当发生故障导致转速检测异常时系统自动由闭环控制模式转为开环控制模式，防止船舶飞车和失控；当故障解除后，系统又会自动由开环控制模式转为闭环控制模式。在机动航行模式下，系统通过电子海图和GPS反馈信息，计算穿越实时性要求较高的场合所需转速，指导操作者换挡。本发明能实现因故障导致转速测量误差过大时自动切换，强化了主机遥控系统的冗余控制策略，提高系统的可靠性和运行的安全性。