本发明公开了一种类型异常图斑自动识别方法及系统。该方法包括：获取待识别多光谱遥感影像；对多光谱遥感影像进行裁切，以获得类别易出错或易混淆的图斑的影像；计算各图斑影像的综合光谱指数；根据各图斑影像综合光谱指数的大小，分要素类对各图斑影像进行排序；确定图斑影像序列前后设定数量的图斑影像中是否存在类别异常图斑；如果存在，则在图斑影像序列的前和/或后增加设定数量的图斑影像，并对增加的图斑影像进行类别异常识别，如果增加的图斑影像中存在类别异常图斑，则跳转至“在图斑影像序列的前和/或后增加设定数量的图斑影像进行识别”步骤，直至增加的图斑影像中不存在类别异常图斑为止。本发明能够实现类别异常图斑的自动识别。