本申请涉及一种基于多输出轴舵机的处理方法及处理系统，多输出轴舵机包括多个单输出轴结构，每个单输出轴结构上均设有第一串口模块和第二串口模块，通过将多个单输出轴结构进行组装，并依序控制多个单输出轴结构中的第一串口模块和第二串口模块工作于完全独立模式；接着采用半双工总线发送指令的方式将多个单输出轴结构的身份标识修改为对应于组装位置的身份标识；最后依序控制多个单输出轴结构中的第一串口模块和第二串口模块工作于数据透传模式。通过该处理方法，无需对各个单输出轴结构在组装之前设置不同的ID，有效降低成本；并且在多个单输出轴结构被错误设为同一ID时可直接通过通信总线发送命令的方式修改成正确的ID，无需拆装，维护方便。