本发明公开了一种基于轨控偏差力矩系数标定的小卫星轨控优化方法。步骤1：确定在轨卫星的轨控任务中的遥测数据；步骤2：根据步骤1中的遥测数据，进行轨控偏差力矩系数标定；步骤3：根据步骤2的轨控偏差力矩系数的标定结果进行轨道控制任务，卫星姿态调整至轨控任务姿态；步骤4：根据偏差力矩系数的标定结果对各轴进行角动量偏置；步骤5：执行轨道控制任务，当轨控任务完成后，调整卫星至长期工作姿态。本发明针对小卫星仅安装轨控推力器且飞轮组控制能力有限情况下轨控任务的优化方法。