本发明提供了一种生物菌胶囊及其制备方法和施用方法，生物菌胶囊由空心胶囊本体填充生物菌内充物制成，生物菌内充物包括生物菌和营养物质，使用时，在蔬菜、水果、花卉、烟草、树木的育种、移栽、追肥、养护过程中，将生物菌胶囊植入作物种子或根系的相同深度，且横向距离作物种子或根系的1.5～2.5cm处，生物菌胶囊在作物种子、根部崩解后，将释放各种益生菌持续为土地提供肥力，为作物提供营养，达到作物绿色施肥、定量施肥、定点施肥的目的，同时解决了作物施用生物菌肥过程中对肥料的浪费，使肥料定点、定量的达到植物根部，直接被作物吸收，降低了资源浪费、人工浪费，实现绿色、环保、高效施肥。