本发明提供了一种谐波压制方法及系统，属于可控震源激发地震资料数据处理领域。所述谐波压制方法利用谐波权重因子对震源信号的谐波分量进行估算，预测出谐波噪声，然后采用自适应相减算法将谐波噪声从原始相关地震数据中减去，得到去除谐波噪声的地震数据。本发明首先对有效信号和谐波畸变差异构造高精度谐波预测滤波算子，将噪音和信号进行有效区分和分离，并采用自适应相减算法，避免了在噪音估计不准确情况下，导致谐波压制效果不佳进而导致对有效信号的损伤，从而最大限度地保护了有效信号。