本申请公开了一种间接蒸发制冷控制系统及控制方法，该系统包括：室外侧循环风单元、室内侧循环风单元、间接蒸发制冷单元及机械制冷单元，间接蒸发制冷单元的两侧分别与室外侧循环风单元、室内侧循环风单元连通；机械制冷单元的制冷侧设置在室内侧循环风单元的排风管路上；室外侧循环风单元、室内侧循环风单元上分别连通第一旁通风阀和第二旁通风阀；间接蒸发制冷单元的出风口设有风速/风量检测单元。该方法包括：获取室外环境温度、室外环境湿度及室内回风温度；基于上述控制第一旁通风阀、第二旁通风阀的开闭使本申请进入不同工作模式。本申请通过控制第一旁通风阀、第二旁通风阀的开闭可进入不同的制冷模式，且可优化机械制冷模式下的能效。