本发明公开了一种基于深度图像特征和阈值学习策略的蛋白质亚细胞定位的方法，包括以下步骤：步骤1，数据收集和数据预处理；步骤2，数据增强训练集测试集划分；步骤3，构建基于卷积神经网络的特征提取器；步骤4，利用最小冗余最大相关算法结合后向特征消除进行特征提取；步骤5，构建亚细胞定位分类器；步骤6，性能评价，步骤7，利用单标签亚细胞定位预测器蛋白质免疫组化单标签图像进行预测，利用多标签亚细胞定位预测器对蛋白质免疫组化多标签图像进行预测。本发明引入了阈值学习策略，可以更好的挖掘标签与样本以及标签与标签之间的相关性使得多标签蛋白质亚结构的定位预测性能更好。