本发明涉及热泵烘干技术领域，其目的在于提供一种热泵烘干系统的控制方法，由控制器执行，包括以下步骤：接收热泵烘干系统启动请求，输出风机开启命令至第一风机和第二风机，输出压缩机开启命令至压缩机；实时接收并处理回风风道的相对湿度数据、第一送风风道的相对湿度数据、第一送风风道的干球温度数据和/或第一送风风道的湿球温度数据；然后输出第一换热部分风量调小命令，输出第二换热部分风量调大命令；或输出第一换热部分风量调大命令，输出第二换热部分风量调小命令。本发明实现了对热泵烘干系统的自动控制，避免操作人员手动操作，另外，本发明可针对不同的烘干物和烘干工艺进行控制，可进一步提高热泵烘干系统的工作效率。