本发明提供了一种纳米孔道单分子蛋白质测序仪，主要包括纳米孔道阵列化芯片系统、微电流检测系统以及数据处理与构建系统三部分；芯片主要包括氨基酸电性筛选芯片以及基于特异性纳米孔道的氨基酸序列读取芯片等，其设计原理是根据氨基酸的亲疏水性、极性、带电性等性质，设计系列具有氨基酸靶向识别的生物纳米孔道，逐一获得组成待测蛋白质的氨基酸的纳米孔道特征离子流信号；通过阵列化微电流测量系统，实现对每一个纳米孔道内蛋白质序列特征信息获取；进而，利用标准纳米孔道模型肽序列信息库进行氨基酸序列识别、校正、整合与读取，能够实现单个氨基酸的超高分辨，满足蛋白质测序的技术要求。