本发明公开了一种预测微生物岩甜点储层的方法。该方法包括以下步骤：S100、利用基于井震约束的古地貌恢复技术，对微生物岩储层划分沉积相带，以确定有利相带；S200、在所述有利相带内，利用基于正演模拟的地震属性分析技术，确定储层分布，以确定储层发育区；S300、在所述储层发育区内，利用基于去泥去硅的储层物性反演技术，确定甜点储层。本发明利用地质新认识，充分考虑了微生物岩主控因素的三个方面(岩相、岩溶作用和岩石组构)，提出了逐级控制的甜点储层预测新思路，特别是开展了孔隙度预测，解决了不同微生物岩岩石组构对储层优劣程度的影响，大大提高了储层预测精度。