本发明公开了一种氢能燃料电池汽车的热管理系统及控制方法。该系统包括氢燃料电池电堆、散热件和第一水泵连通形成第一闭合回路；第一三通比例阀的第一端口、第二水泵、PTC加热器、第二三通比例阀的第一端口、第二三通比例阀的第二端口、暖风芯体、四通阀的第一端口、四通阀的第二端口、第一三通比例阀的第二端口连通形成第二闭合回路；换热器热管道两端分别与第二三通比例阀的第一端口和四通阀的第三端口连通；换热器冷管道与电池包连通形成第三闭合回路；第一三通比例阀的第三端口与第一闭合回路连通；四通阀的第三端口与第一闭合回路连通；通过控制阀门端口的连通关系，可以控制三条回路的工作模式；能够充分利用能量，从而降低整车能耗。