一种圈选系统及圈选方法，该圈选系统通过一电子装置实现一神经网络圈选方法，用以自动地圈选病患三维医学图像内的预设目标，其中预设目标如肿瘤或邻近一或多个危急器官。圈选系统包含一存储单元、一处理单元、及多个计算机可运行模块。处理单元用以取得存储于存储单元的三维图像，并执行一圈选方法，以输出图像的一或多预设目标的圈选图像。处理单元执行的圈选方法包括：藉由一图像预处理模块，以增强预设目标的图像特征与提升圈选准确度；藉由一神经网络圈选模块，萃取至少一预设目标的多个抽象特征并还原至原输入图像的尺寸以产生至少一预设目标的圈选图像。