基于自监督表征学习的海洋目标检测方法及系统，在自监督船舶特征学习阶段中，采用动量对比方式在无标注海洋目标数据上训练特征提取模型，动量对比过程将字典作为一个样本队列进行维护，并通过采用动量更新的方式更新键编码器；在有监督海洋目标检测阶段中，采用Faster R‑CNN模型进行海洋目标检测，Faster R‑CNN模型包括进行特征提取的骨干网络、生成感兴趣区域的区域候选网络和RoI Head网络；通过骨干网络采用自监督船舶特征学习阶段所得的特征提取网络参数进行初始化，为目标检测模型提供海洋环境及船舶相关的先验知识，在训练模型同时对骨干网络进行参数微调。本发明降低了海洋数据样本不足对检测效果的影响。