本发明提出了一种基于胶囊内镜人体内位置获取系统的位置获取方法。本发明将磁铁安装于胶囊内镜向外发射磁场信号，背心式的三轴磁传感器阵列板的多个磁传感器同时采集磁场信号强度，并传输至第二无线处理器，进行数据处理；加速度计、陀螺分别采集胶囊内镜加速度和角速度信息并传输至第一无线处理器，第一无线处理器根据加速度、角速度通过计算得到姿态信息，第一无线处理器将姿态信息无线传输至第二无线处理器，从而确定姿态参数，只估计位置参数。本专利根据此系统提出了基于磁强计各轴向观测值的非线性最小二乘联合平差方法，提高了计算效率，并减少了粗差的出现,从而达到胶囊内镜定位系统实时计算的要求。