本实用新型提供一种光波导微流体检测系统，包括微流体芯片、显微镜、测量装置和分析装置；微流体芯片包括：光波导和微流道，光波导用以将光沿水平方向导入微流道内；还包括：依次由下而上设置的衬底、下包层、波导层、上包层和流道盖板，波导层是氮化硅材料，波导层用以形成光波导；微流道由上而下贯穿上包层、波导层和下包层延伸进衬底；下包层是厚度为2～3μm的二氧化硅，上包层是厚度为15～30μm的高分子聚合材料，微流道延伸进衬底10～15μm，微流道宽度为10‑100μm。具有有益效果：把传统的台式甚至大型的光学系统缩小到芯片尺寸，保证同等甚至更出色的分析性能，实现微纳尺度下的生物样品的高通量芯片级光学检测和分析集成系统，大幅度降低系统成本。