本实用新型提供一种基于CMOS图像传感的光波导微流体检测系统，包括：微流体芯片、光谱收集装置和分析装置；微流体芯片包括：光波导和微流道，光波导用以将光沿水平方向导入微流道内；微流体芯片还包括：依次由下而上设置的CMOS图像传感层、下包层、波导层、上包层和流道盖板，波导层是在25‑150℃沉积温度下形成的氮化硅材料，波导层用以形成光波导；微流道由上而下贯穿上包层、波导层和下包层以暴露出CMOS图像传感层；微流道宽度为10‑100μm。具有有益效果：在CMOS图像传感层和高分子聚合材料上低温沉积光学性能可调的氮化硅光波导，不破坏CMOS图像传感层，减少了实验中对收集光路调整等准备工作，提高了实验效率；提高了检测系统的便携性，大大增加了系统的应用场景。