本实用新型提供一种基于CMOS图像传感的光栅波导多微流道检测系统，包括微流体芯片、CMOS图像传感层和分析装置；微流体芯片包括微流体组，微流体组包括第一数量的微流体，微流体包括微流道和光栅波导及出射光栅，出射光栅位于微流道下方用以将光沿垂直方向向上导入微流道内；还包括在25‑150℃沉积温度下形成的氮化硅波导层；CMOS图像传感层位于下包层下方。具有有益效果：形成光栅波导与多微流道一体化矩阵的结构，通过多微流体通道和大规模矩阵化的光栅波导来实现比传统光学系统更高通量的分析性能，快速构建高通量生物样品的芯片级的片上光学检测分析系统，实现微纳尺度下的生物检测的高通量芯片；减少实验中对收集光路调整等准备工作，提高检测系统的便携性。