本实用新型提供一种光栅波导微流体检测系统，包括微流体芯片、显微镜、测量装置和分析装置；微流体芯片包括：光栅波导和微流道，光栅波导包括出射光栅，出射光栅位于所述微流道下方用以将光沿垂直方向向上导入所述微流道内，还包括：依次由下而上设置的衬底、下包层、波导层、保护层、上包层和流道盖板，所述波导层用以形成所述光栅波导；所述保护层用以覆盖所述光栅波导并保护所述出射光栅；所述微流道贯穿所述上包层以暴露出所述保护层。具有有益效果：生产芯片级光学检测系统，把传统的台式甚至大型的光学系统缩小到芯片尺寸，保证同等甚至更出色的分析性能，实现微纳尺度下的生物样品的高通量芯片级光学检测和分析集成系统，大幅度降低系统成本。