本实用新型提供一种光栅波导微流体检测系统，包括微流体芯片、显微镜、测量装置和分析装置；微流体芯片包括：光栅波导和微流道，光栅波导包括出射光栅，出射光栅位于微流道下方用以将光沿垂直方向向上导入微流道内；还包括：由下而上设置的下包层、波导层、保护层、上包层和流道盖板；保护层用以覆盖并保护出射光栅；微流道贯穿上包层以暴露出保护层。具有有益效果：在柔性基底上沉积光学性能可调的氮化硅薄膜，扩展SiN光学器件材料的应用范围和形式，将传统光学系统通过集成光学或片上光学器件来实现，把传统台式大型的光学系统缩小到芯片尺寸，保证出色的分析性能，实现微纳尺度下的生物样品的高通量芯片级光学检测和分析集成系统，大幅度降低成本。