本实用新型提供的一种益生菌多层包埋结构，包括益生菌核层、缓释层、保护层和抗氧化层，所述缓释层包埋至少一个的益生菌核层，所述缓释层外依次包裹有保护层和抗氧化层，所述益生菌核层内设有用于容纳益生菌和营养层的空腔；所述缓释层为蛋白质层，所述保护层为复合多糖层，所述抗氧化层为类胡萝卜素层，所述益生菌核层为蛋白质多糖复合物层。本实用新型采用缓释层、保护层和抗氧化层依次包埋益生菌核层，能够有效抵御胃酸及胆盐的腐蚀且防止益生菌产生氧化反应失活，使益生菌保持活性顺利到达肠道，从而改善肠道环境。