本实用新型提供一种益生菌包埋结构，包括益生菌核层、缓冲层和保护层，所述益生菌核层外依次包裹有缓冲层和保护层，所述益生菌核层内设有用于容纳益生菌以及营养层的空腔，所述益生菌核层为蛋白质多糖复合物层，所述缓冲层由内至外依次包括淀粉层和蛋白质层，所述保护层由内至外依次包括植物多糖层和高分子化合物层。本实用新型采用含有蛋白质的缓冲层增加保护层的成膜性及包埋效果，从而在整体上提升缓冲层与保护层的性能，能够抵御胃酸及胆碱的腐蚀，且益生菌核层、缓冲层与保护层在到达肠道后充分迅速的溶解，释放出大量活性益生菌，从而改善肠道环境。