本实用新型适用于荧光成像技术领域，提供了一种基于可移动载物台的荧光成像自动跟随对焦系统，包括成像组件和对焦组件；通过设置中央控制器、对焦步进电机和升降步进电机，并将升降步进电机与升降载物平台固定，通过载物台的移动位置大小建立与对焦步进电机的转动角度之间的函数关系，当对焦步进电机由一位置移动到另一位置时，根据升降载物平台位置与对焦转动角的函数方程，中央控制器自动计算出对焦时对焦步进电机需要转动的角度大小，从而通过对焦步进电机驱动器控制对焦步进电机转动给定角度，从而实现自动跟随对焦，克服了现有技术中载物台改变位置后手控电动对焦的重复性，实时跟随对焦速度快，效率高，而且操作简单。