本实用新型提供了一种柔性混合器及包括其的双盒封装模块系统，所述柔性混合器包括：至少一组收集颗粒封装模块和至少一组降氮氧排放封装模块；至少一第一混合器包括至少两个第一进口和一个第一出口，第一进口与收集颗粒封装模块连接；至少一第二混合器包括一个第二进口和至少两个第二出口，第二出口与降氮氧排放封装模块连接；连接管的一端与第一出口连接，另一端与第二进口连接；待处理气体由收集颗粒的封装模块进入第一混合器，通过第二混合器进入降氮氧排放的封装模块，再由降氮氧排放的封装模块排出。本实用新型可以灵活地组装在车辆的不同底盘上，混合器功能有更多的空间来加强设计，并且可以更具有功能针对性。