本实用新型公开了一种有益微生物菌巢，包括菌巢本体，所述菌巢本体的两个端部封闭，且其内部设有至少1个通孔，所述通孔的长度小于菌巢本体的长度。本实用新型的结构简单、使用方便，通过将菌巢本体的两个端部设置为封闭的，可避免雨水和土壤中有害菌的侵蚀，将菌巢本体的内部设有通孔，在有益菌生长繁殖时，通孔可为有益菌提供生长繁殖的空间，菌巢本体可作为有益菌生长的堡垒，阻止有害菌的侵入通孔内，提高了通孔内有益菌的生长繁殖速度，该有益微生物菌巢能在较短的时间内生产繁殖大量的个体体积较大的有益菌，利用优势菌种群的排他性，有效快速持续改善了土壤的结构，提高了土壤的肥力。