本实用新型公开了一种用于脉动灭菌器的脉动控制系统，涉及脉动灭菌器技术领域。本实用新型包括灭菌器本体，灭菌器本体一侧设有抽真空管路，抽真空管路一侧设有换热管路。本实用新型通过对脉动技术设计新型的控制方法，能够保证灭菌器本体同时具备负压脉动、跨压脉动和正压脉动的操作，同时能够保证正、负压脉动过程，压力可以调节，循序脉动递增或递减，避免了压力大幅度增加对灭菌器主体的压力冲击，期间经过一次跨压脉动，避免多次跨压脉动，减少了灭菌器主体承受交变载荷造成的材料疲劳强度问题，能够提高灭菌器主体的使用寿命跟安全性能，保证了灭菌质量及温度均匀性，提高了产品灭菌性能。