本实用新型公开了一种百香果籽汁分离系统，包括：壳体，所述壳体的两侧分别开设有进料口和出料口；过滤结构，所述过滤结构位于壳体的内部，所述过滤结构包括支撑板、过滤网和下料管，所述壳体内固定设置有支撑板，所述支撑板的底部固定设置有过滤网，且所述过滤网的底部与壳体内的底部进行固定连接；碾压结构，所述碾压结构位于壳体的顶部。本实用新型通过液压缸带动碾压块向下移动，可将果肉中的果汁压榨出来，而果汁可以穿过过滤网由出料口处流出，过滤网内的果皮和籽可以通过下料管排出，可以防止果汁中混入籽，还能通过转动电机带动液压缸进行转动，从而可以使碾压块在下压的过程中还能进行研磨，能够将果肉中的果汁充分榨出来。