本实用新型涉及发酵装置技术领域，特别是涉及一种工业废气净化专用菌种的发酵装置，包括：罐体上连接有气体流通管路和液体真空抽滤管路；真空抽滤机构包括抽滤动力装置、活动接口、真空抽滤管、第二保护罩、抽滤接口、进液管和液体除菌过滤器。所述真空抽滤管的第一端与经由第二保护罩所述罐体连接；搅拌机构包括搅拌器、搅拌电机，所述搅拌器与所述罐体连接，所述搅拌器与电机连接；加热机构与所述罐体连接。本实用新型解决现有技术中发酵装置容易出现杂菌污染影响工业废气净化专用菌种的培养的问题，通过在气体流通管路和液体真空抽滤管路上安装有除菌过滤器从而形成过滤除菌系统，可以对加入发酵装置的气体和液体预先除菌，避免引入杂菌。