本实用新型公开了一种光纤传感器差异补偿系统，包括光纤传感器、分别与光纤传感器连接的补偿单元和检测单元、以及控制与处理单元；其中，所述光纤传感器包括有光纤、光源、以及光感；所述补偿单元与光纤传感器的光源连接，以对光源进行补偿；所述检测单元与光纤传感器的光感连接，以用于接收光感输出值并将所述光感输出值传输至控制与处理单元；所述控制与处理单元用于将所述光感输出值与标准输出值进行比较，根据比较结果控制所述补偿单元对光纤传感器的光源进行调节补偿，以使得光感输出值与标准输出值保持一致。本实用新型光纤传感器差异补偿系统及方法可避免生产过程中的差异而导致最终成品的一致性差的问题，可以提高产品的成品率。