本发明公开了一种使用Hi‑C技术对第二代测序大片段文库构建的基因组scaffold进行校正，进而获得更准确的染色体水平基因组的方法。通过对比基于Hi‑C数据组装的基因组scaffold和基于大片段(mate‑pair)文库组装的基因组scaffold的contig顺序，保留基因组scaffold中与基于Hi‑C数据组装结果的顺序一致的contig，将不一致的contig打断，重复以上步骤，直至不再出现新的一致的contig顺序，得到经过校正的染色体水平基因组。本发明使用Hi‑C技术辅助对组装到基因组scaffold的结果进行校正，在不重新进行基因组测序的情况下，最大化的利用已测序的数据，保证组装结果正确的情况下，既最大化的保留了第二代测序基于大片段文库组装结果中正确的scaffold连接，又不影响Hi‑C染色体水平的准确性。