本发明公开了一种基于靶标的基因簇定向挖掘方法，该方法可以挖掘出与所提供的靶标蛋白质相关的、可能具有次级代谢产物的生物合成基因簇，这些基因簇后续可以通过生物化学实验，验证是否具有产生与靶标蛋白质存在相互作用的活性天然产物的功能。步骤如下：1)构建蛋白质和基因组数据库；2)将靶标蛋白质序列与蛋白质数据库中的蛋白质序列进行序列比对，获得数据库中相似的蛋白质；3)提取相似蛋白质对应的基因组，以及各个基因组中相似蛋白质编码基因的位置；4)检测每个基因组中所含的基因簇位置；5)判断检测出的每个基因簇是否命中，即判断相似蛋白质编码基因是否处于基因簇中；6)进行基因备份分析，取得分较高的基因簇作为挖掘结果。