本发明涉及无人机控制技术领域，针对无人机飞行过程中的飞行工况模式识别问题，本发明提出了一种无人机飞行工况模式识别方法及系统。本发明的飞行工况模式识别过程包括：无人机飞行工况训练数据采集阶段，无人机工况模式离线分类阶段，无人机工况模式在线匹配阶段三个主要环节，通过构建无人机多次飞行过程中的工况数据网络，不但可以记录无人机飞行过程中不同时刻的工况状态，还有效表达了它们之间的复杂相关关系，有助于获得鲁棒性和可解释性更强的无人机飞行工况模式识别结果。此外，利用图变分自编码器结构构建无人机飞行工况模式分类模型，使模型具有一定的生成能力，从而使无人机飞行工况模式识别过程具有更强的泛化能力。