一种降解含高浓度抗生素且低C/N比养殖废水的藻菌共生体的制备方法和应用。本发明属于水处理领域。本发明的目的是为了解决现有活性污泥生物处理养殖废水的过程复杂、各处理过程不能同步进行导致处理时间长、成本高、处理效果差的技术问题。本发明的方法：先将小球藻培养至对数期，离心得到小球藻细胞沉淀；然后将活性污泥进行特定驯化，离心得到活性污泥沉淀；再将二者混合均匀，得到降解含高浓度抗生素且低C/N比养殖废水的藻菌共生体。应用：将所得藻菌共生体用于处理含高浓度抗生素且低C/N比养殖废水。本发明的藻‑菌共生体系可以在短期内达到很好的氮磷去除效果，操作简单易行，制备成本较为低廉，具有大规模推广应用的潜力。