本申请属于航空航天飞行器热保护、热管理技术领域，特别涉及一种用于机载电子设备的冷却系统，包括封闭循环冷却主路以及辅助冷却旁路；其中，封闭循环冷却主路包括通过第一管路依次连通的第一冷却组件、储液箱、泵以及散热器，第一冷却组件中的第一冷却板内部包括至少一个液体介质回路和至少一个气体介质回路；辅助冷却旁路采用采用发动机高压放气作为辅助气源，并通过第二管路连通至第一冷却组件的气体介质回路的入口端，以提供气体冷却介质。本申请的用于机载电子设备的冷却系统，能够将两种可消耗型冷却工质集成到同一个冷却系统中，从而使得机载电器元件的冷却更有效，以提升机载电子元件热保护与热管理水平。