本发明公开了一种基于频谱的轴承故障分类方法及系统。方法包括S1、计算轴承每个状态的振动信号的频率频谱；S2、计算轴承每种状态之间的频率差异；S3、计算每个状态频谱之间每个差异的比率K；S4、选择比率K大于设定值的频率振幅的频率；S5、按照如下公式设置参数R，R＝R1/R2，R1为需要分析训练集频率的共同频率振幅数，R2为所有的训练集频率的全部频率振幅数；S6、从每个状态中选取公共频率的振幅形成R个特征向量，将计算出的特征向量输入到K邻近值分类，K均值聚类，线性支持向量机中进行分类。本发明通过较少的FFT和公共频率选择实现特征向量的选取，计算量小，便于工程实现。